ЖКТ выполняет пищеварительные и непищеварительные функции. К первым относят: секрецию пищеварительных желёз, моторную деятельность мышечного аппарата и всасывание из полости ЖКТ продуктов переваривания пищи. Эти функции чаще непищеварительных служат объектом диагностического исследования.
При гастроэнтерологической диагностике исследуют деятельность ЖКТ натощак и после стимуляции секреции. Состояние пищеварительного тракта натощак может быть названо базальным лишь условно, так как все пищеварительные органы обнаруживают периодическую активность (см. "Патофизиология синдрома кишечной недостаточности"), существенно различающуюся по интенсивности в различных фазах. Пищевые и непищевые стимуляторы функциональной активности органов пищеварения применяют в зависимости от задач исследования.
В зависимости от техники исследования методы делят на зондовые и беззондовые. Первые, как правило, точнее вторых, но имеют противопоказания, иногда больные отвергают их. Зондовые методы применяют для извлечения секрета из полости ЖКТ или протоков желёз; а зонды, снабжённые специальными датчиками, - для измерения внутриполостных параметров секреции и моторики.
Секреторную деятельность пищеварительных желёз оценивают по объёму (напряжению) секреции за время, предусмотренное принятой методикой, концентрации в секрете ингредиентов и их дебитом (обычно за 1 ч или 30 мин). Для характеристики пищеварительной деятельности желёз в секрете стандартными методами определяют степень всасывания электролитов, рН и активность гидролитических ферментов.