Истоки анатомии уходят в давние времена. Рисунки, выполненные на скалах, свидетельствуют, что уже охотники первобытного мира знали о существовании и расположении ряда важных органов. О расположении сердца, печени, легких и некоторых других органов упоминают в древней китайской книге «Нейцзин» (IX-VII вв. до н.э.). В индийской книге «Аюрведа» («Знание жизни», IX-III вв. до н.э.) присутствуют сведения о мышцах, сосудах и нервах.
Великий врач древности Гиппократ (460-377 гг. до н.э.) сформулировал представления о типах телосложения и темперамента, описал ряд костей черепа. Первым начал изучать анатомию животных методом вскрытия ученик Пифагора Алкмеон из Кротона (Греция, V в. до н.э.). Крупнейший ученый древности Аристотель (384-322 гг. до н.э.) на основании вскрытия трупов животных различал кости, хрящи, сухожилия мышц, нервы. Аристотелю принадлежит термин «аорта».
Вскрытие трупов людей в Древней Греции впервые произвели Герофил (родился около 304 г. до н.э.) и Эразистрат (300-250 гг. до н.э.). Герофил впервые описал некоторые черепные нервы, оболочки головного мозга, синусы твердой мозговой оболочки. Он изучал двенадцатиперстную кишку, оболочки и стекловидное тело глазного яблока, лимфатические сосуды брыжейки тонкой кишки. Эразистрат уточнил строение сердца, его клапанов, различал двигательные и чувствительные нервы.
Гален (131-201 гг.) описал семь черепных нервов, соединительную ткань и нервы скелетных мышц, некоторые кровеносные сосуды, надкостницу. Полученные при вскрытии животных данные Гален переносил на человека (трупы людей в Древнем Риме, как и в античной Греции, вскрывать было запрещено), что далеко не всегда оправдано.
Величайший врач Абу Али ибн Сина (Авиценна, 980-1037 гг.) в книге «Канон врачебной науки» приводит подробные данные по анатомии человека.