Основным признаком комплексной экспертизы является участие в ее производстве представителей разных экспертных специальностей или узких специализаций (профилей) с несовпадающими, хотя и пересекающимися компетенциями. Так, уголовно-процессуальное законодательство указывает, что «судебная экспертиза, в производстве которой участвуют эксперты разных специальностей, является комплексной» (ст. 201 УПК РФ). Статья 82 ГПК РФ формулирует сходное определение: «Комплексная экспертиза назначается судом, если установление обстоятельств по делу требует одновременного проведения исследований с использованием различных областей знания или с использованием различных направлений в пределах одной области знания».
Развитие института комплексных экспертных исследований отражает две взаимосвязанные тенденции научного прогресса - дифференциации и интеграции научных знаний, затронувшие и сферу экспертных познаний. Все более узкая специализация научных дисциплин влечет за собой потребность в их взаимодействии для получения синтетических представлений об общем объекте исследования.
В случае комплексной экспертизы возникает проблема совмещения компетенций разных экспертов, что достигается двумя путями - поиском точек соприкосновения и взаимопересечения базовых дисциплин, представителями которых являются эксперты, и освоением каждым из взаимодействующих специалистов смежных познаний в объеме, достаточном для взаимопонимания, продуктивного сотрудничества и участия в выработке общего вывода и его совместного обоснования. Например, психиатру всегда существенную помощь оказывали вспомогательные (прежде всего психологические) средства диагностики, тем более что нет четкой границы между методиками, составляющими неотъемлемую часть психиатрической беседы, и методиками, связанными с таким психологическим экспериментом, который уже не может осуществляться в рамках психиатрического интервью и представляет собой самостоятельное обследование.