Комплексная организация процесса преподавания истории медицины предполагает понимание и преподавателем, и студентом истории медицины как части фундаментального направления «История и философия науки». Это определяет ее особую роль в учебном процессе и формировании мышления врача-клинициста. Прикладной и фундаментальный характер медицины как науки, ее тесная связь с этикой, основанная на необходимости индивидуализации каждого клинического случая, формируют необходимость усвоения социокультурных и мировоззренческих доминант, наполняющих социальное измерение медицины и выступающих в качестве значимых детерминант практической деятельности врача. Как отмечал выдающийся терапевт XIX в. Г.А. Захарьин, «усвоение слушателями метода и умения индивидуализировать должно быть главною целью преподавателя. Кто усвоил метод и навык индивидуализировать, тот найдется и во всяком новом для него случае.»22. Именно здесь обнаруживается тесная связь философии и клинической медицины: соотношение базовых категорий философии - части и целого, общего и особенного - в преломлении понятийного аппарата практической медицины и общей патологии позволяют более осознанно и верно подходить к процессу диагностики и лечению заболеваний. Медицинская теория всегда находится внутри общего поля идей, которые формируют поле философии медицины, позволяющее комплексно изучать сложную живую систему - человеческий организм23.
Выдающийся клиницист, видевший организм человека как единое целое, С.П. Боткин отмечал, что «...изучение человека и окружающей его природы в их взаимодействии с целью упреждать болезни, лечить или облегчать - составляет ту отрасль человеческого знания, которая известна под именем медицины»24. Внедрение результатов научных исследований в педагогический процесс необходимо для формирования качественной образовательной среды. Именно поэтому для освоения современного медицинского знания и смежных с ним направлений науки так важно иметь четкое представление о том, чем определялись те или иные обстоятельства, обеспечившие развитие отдельных клинических дисциплин, ведь, по замечанию Н.И. Пирогова, изучая частное в точности, мы сможем узнать целое25.