Глава 5. ГЕНОМНЫЙ БРАУЗЕР UCSC

5.1. Характеристика UCSC

С момента дебюта в 2001 г. геномного браузера Университета Калифорнии, Санта-Крус (UCSC) (http://genome.ucsc.edu/), его команда оказывает постоянную поддержку международному сообществу ге-номики и биомедицины через доступные веб-платформы, предназначенные для быстрого, масштабируемого отображения, выравнивания последовательностей и аннотации на базе огромной коллекции качественных референсных геномов. Общедоступные БД браузера являются основой богатого, интегрированного набора инструментов биоинформатики, который включает в себя графический интерфейс для запросов данных и загрузок, программы выравнивания, утилиты командной строки и многое другое.

Браузер предлагает геномные данные около сотни организмов, причем многие с несколькими сборками. В разделе Genomes можно выбрать интересующий вариант генома (рис. 5.1), сверху представлены наиболее популярные организмы (цифра 1), все доступные организмы представлены в окне слева (цифра 2).

Инструменты (Tools)

Браузер UCSC содержит набор инструментов геномного анализа, большинство из них расположено на главной странице:

► Genome Browser - для интерактивной визуализации геномных данных;

► Table Browser - интерфейс для загрузки данных из Genome Browser в табличном браузере;

► Variant Annotation Integrator - для предсказания функционального эффекта;

► BLAT - инструмент для выравнивания последовательностей;

Рис. 5.1

► Data Integrator - для объединения источников данных Genome Browser;

► Gene Sorter - выводит на экран гены, группируя их по параметрам, не связанным с локацией (например, экспрессия в тканях);

► Genome Browser in a Box (GBiB) - для запуска Genome Browser на ноутбуке или сервере;

► In-Silico PCR - для быстрого выравнивания пар праймеров поли-меразной цепной реакции относительно генома;