Известный советский физиолог, академик А.М. Уголев в работах по эволюции пищеварения предсказал и обозначил ряд закономерностей кишечного микробиома, при этом отсутствие на то время адекватных молекуляр-но-генетических методов изучения микробиома не помешало ему указать на важную роль микробных сообществ в здоровье человека. Уголев выделял три потока веществ, обусловленных деятельностью бактерий ЖКТ: первый поток - нутриенты, модифицированные бактериями (например, амины, возникающие при декарбоксилировании аминокислот), второй поток - продукты жизнедеятельности бактерий и третий поток - балластные вещества, модифицированные бактериями (моносахариды, жирные кислоты и др.). Балластные вещества, или пищевые волокна, являются не балластом, а эволюционно важным компонентом пищи. Поток таких модифицированных микрофлорой веществ необходим для нормального функционирования пищеварительного аппарата и организма в целом. При этом в этих трех потоках выделялись: полезные вещества (витамины, незаменимые аминокислоты), индифферентные вещества и токсические вещества, которые являются неизбежными спутниками экзотрофного питания. Потоки токсических веществ определенно являются физиологичными, когда они не превышают определенных границ. Такими веществами являются токсические амины (кадаверин, путресцин и др.), которые заметно влияют на состояние организма человека.
Уже тогда Уголев выделял индигенные (аутохтонные) группы микроорганизмов кишечника и случайные (транзиторные) бактерии. Таким образом, человек и высшие животные представляют собой не организмы, а надорганизменные системы, включающие в себя, кроме макроорганизма, микробиоту его ЖКТ - внутреннюю экологию, или эндоэко-логию. Между организмом хозяина и микрофлорой его пищеварительного аппарата существуют положительные симбиотические отношения (Уголев А.М. Эволюция пищеварения и принципы эволюции функций: элементы современного функционализма. Л.: Наука, 1985).